Jemaat GPM Petra Kota Ambon merupakan jemaat yang lahir dari proses pemekaran Jemaat GPM Imanuel sebagai wujud pertumbuhan dan dinamika pelayanan gereja di Kota Ambon. Pemekaran ini secara resmi ditetapkan pada tanggal 19 Januari 1997, setelah melalui pergumulan iman, doa, serta pertimbangan pelayanan yang matang. Pertambahan jumlah warga jemaat dan kebutuhan akan pelayanan yang lebih efektif mendorong gereja untuk membentuk jemaat baru yang mandiri, namun tetap berakar pada semangat kebersamaan dan persaudaraan dalam tubuh Gereja Protestan Maluku (GPM).
Sejak dimekarkan, Jemaat GPM Petra Kota Ambon terus membangun identitas pelayanannya dengan berlandaskan iman kepada Yesus Kristus sebagai batu penjuru gereja. Jemaat ini bertumbuh tidak hanya secara kuantitas, tetapi juga dalam kualitas kehidupan berjemaat, melalui pelayanan ibadah, pembinaan warga gereja, serta keterlibatan aktif dalam kehidupan sosial masyarakat. Dalam perjalanan sejarahnya, Jemaat GPM Petra tetap menjaga hubungan yang erat dengan Jemaat GPM Imanuel sebagai jemaat induk, sambil melangkah maju menjalankan panggilan gereja untuk menjadi berkat bagi kota Ambon dan sekitarnya.
Dalam perjalanan sejarah pelayanannya, Jemaat GPM Petra Kota Ambon berkembang menjadi jemaat yang menaungi empat gereja, yaitu Gereja Petra, Gereja Elim, Gereja Pancaran Berkat, dan Gereja Sola Grasia, yang seluruhnya terletak di Kelurahan Waihoka, Kota Ambon. Keempat gereja ini menjadi pusat peribadahan dan pelayanan bagi warga jemaat di wilayah tersebut, sekaligus mencerminkan pertumbuhan iman dan kebutuhan pelayanan yang semakin beragam. Keberadaan gereja-gereja ini memperkuat persekutuan jemaat, memperluas jangkauan pelayanan, serta menegaskan komitmen Jemaat GPM Petra Kota Ambon untuk terus menghadirkan kesaksian dan pelayanan yang hidup di tengah masyarakat Waihoka.
